Ganwyd John Baylis yn Y Barri ym 1946 ac aeth i Ysgol Ramadeg y Bechgyn y Barri. Roedd yn athletwr brwd yn ei ieuenctid, gan ymuno â chlwb Dinas Caerdydd yn 16 oed, ac wedi hynny chwaraeodd dros Y Barri a Phrifysgol Cymru. Roedd hefyd yn frwd dros griced ac athletau. Aeth i Brifysgol Cymru, Abertawe, gan raddio ym 1967 o'r Adran Damcaniaeth Wleidyddol a Llywodraeth. Yn dilyn hyn, enillodd radd MSc (Econ) mewn Astudiaethau Strategol o Brifysgol Cymru, Aberystwyth. Treuliodd flwyddyn yn addysgu ym Mhrifysgol Lerpwl cyn dychwelyd i'r Adran Gwleidyddiaeth Ryngwladol ym Mhrifysgol Aberystwyth fel Darlithydd. Dyfarnwyd ei PhD, DLitt., a Chadair Bersonol iddo wrth addysgu yn Aberystwyth. Treuliodd hefyd ddau gyfnod fel Deon y Gwyddorau Cymdeithasol. Yn 2000 fe'i penodwyd i'r Gadair yn ei hen Adran yn Abertawe ac yn 2003 daeth yn Ddirprwy Is-ganghellor y Brifysgol, gan ymddeol yn 2008.
Roedd ei ymchwil ym meysydd cysylltiedig Astudiaethau Strategol, Cysylltiadau Rhyngwladol a Hanes Niwclear. Ar y cyd â'i gydweithwyr yn Aberystwyth, John Garnett, Ken Booth a Phil Williams, cyhoeddodd y gwerslyfr o bwys cyntaf ar Astudiaethau Strategol, Contemporary Strategy: Theory and Policies ym 1975. Yn ystod ei amser yn Aberystwyth ac Abertawe aeth ymlaen i gyhoeddi dros 20 o lyfrau a thros gant o benodau ac erthyglau. Mae ei lyfrau'n cynnwys Anglo-American Defence Relations 1939–1984 (Macmillan, 1984); Anglo-American Relations since 1939: The Enduring Alliance (Manchester University Press, 1997); Alternative Nuclear Futures: The Role of Nuclear Weapons in the Post-Cold War World, wedi'i olygu gyda Robert O’Neill (Oxford University Press, 2000); The Makers of Nuclear Strategy, wedi'i olygu gyda John Garnett (Pinter, 1991); An Introduction to Global Politics, gyda Steven Lamy, Steve Smith, a Patricia Owens (4ydd argraffiad, Oxford University Press, 2016); The British Nuclear Experience: The Role of Beliefs, Culture and Identity, gyda Kristan Stoddart, (Oxford University Press, 2015; Wales and the Bomb: The Role of Scientists and Engineers in the British Nuclear Programme, (University of Wales Press, 2019), a ddefnyddiwyd fel sail i dair rhaglen gan Elin Rhys ar gyfer BBC Wales yn 2024);Joining the Non-Proliferation Treaty, wedi'i olygu gyda'r Athro Yoko Iwama, (Routledge, 2019); a Sharing Nuclear Secrets: Trust, Mistrust, and Ambiguity in Anglo-American Nuclear Relations since 1939, gydag Anthony Eames, (Oxford University Press, 2023). Mae hefyd yn un o olygyddion dau werslyfr o bwys. Un gyda'r Athro Syr Steve Smith a'r Athro Patricia Owens, The Globalization of World Politics: An Introduction to International Politics. Cyhoeddir y 10fed argraffiad gan Oxford University Press yn 2025. Y gwerslyfr arall yw Strategy in the Contemporary World, gyda'r Athro James J. Wirtz a'r Athro Jeannie L. Johnson, a chyhoeddir yr 8fed argraffiad ohono gan Oxford University Press yn 2026.
Ar wahân i barhau â'i ymchwil ar ôl ymddeol, dychwelodd i'w ddiddordeb mewn chwaraeon drwy ddod yn aelod o fwrdd Chwaraeon Cymru am chwe blynedd. Mae'n Gymrawd o Gymdeithas Ddysgedig Cymru, y Gymdeithas Hanes Frenhinol ac Academi'r Gwyddorau Cymdeithasol.